Collecter des observations avec un smartphone équipé d’un GPS

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4 août 2019 | Webmestre

Accessibilité: Observateur avec autorisation spécifique

Lors de sorties naturalistes, il est parfois fastidieux de se déplacer avec un carnet et un crayon pour noter les observations, et encore plus leur localisation précise. Pourquoi ne pas utiliser un smartphone et son GPS pour cela ?

Cet article décrit comment utiliser l’application gratuite GeoTracker sous Android pour saisir vos observations et les importer dans Biodiv, à partir de la version 2.53.

Depuis la version 2.65, il est possible d’utiliser d’autres applications équivalentes, et d’autres syntaxes, à partir du moment où ces applications savent produire des fichiers GPX, KML, GeoJSON ou même CSV, à condition que leur jeu de caractères soit UTF-8.

Démarrer l’enregistrement du parcours

La procédure est spécifique à l’application. Pour GeoTracker, procédez comme suit.

Au début de la sortie, activer le GPS, lancez l’application et débutez l’enregistrement du parcours en appuyant sur le gros bouton rouge de l’écran. L’application enregistre alors votre parcours jusqu’à ce que vous appuyez sur le bouton "pause" ou "stop", ce que vous ferez à la fin du parcours.

Enregistrer une observation sur le parcours

A tout moment, vous pouvez ajouter un point d’intérêt sur le parcours, en cliquant sur l’icône correspondante.

L’application vous propose alors de saisir un texte pour décrire ce point d’intérêt. GeoTracker, ne proposant qu’un seul champ de saisie, nous allons utiliser une syntaxe particulière, pour entrer des informations qui pourront être reconnues et traitées par le site Biodiv.

Si votre application propose de saisir plusieurs champs, vous pourrez répartir les informations dans les différents champs, ou choisir de tout placer dans un seul champ en utilisant par exemple la syntaxe proposée ici.

Nous allons ainsi saisir par exemple o/mésange bleue/3 pour indiquer que nous avons observé 3 mésanges bleues. En créant un tel marqueur, l’application ajoute la date, l’heure et la position géographique.

Notez l’usage du slash (/) comme séparateur ainsi que le "o" (la lettre o comme observation) en tête de ligne. Ce préfixe vous permet de saisir également d’autres points au cours de votre parcours : s’ils ne commencent pas par "o/", ils ne seront pas interprétés comme des observations [1].

Il est également possible d’utiliser une notation plus étendue, telle que o/mésange bleue/3/Couple affairé autour du nid. Le texte situé après le dernier séparateur pourra renseigner le champ description de l’observation.

Sauvegarder le parcours

En fin de sortie, cliquez sur le bouton "stop" sur l’écran. Vous pouvez alors consulter vos trajets. Le plus récent s’affiche en tête de liste. Il vous reste à l’exporter au format GPX en cliquant sur l’icône "partage" et en choisissant ce format.

A partir de la version 2.65 vous pouvez utiliser n’importe quelle application générant un fichier GPX ou KML ou GeoJSON.

Choisissez alors la destination la plus commode afin de retrouver le fichier sur votre ordinateur pour le charger sur le site Biodiv.

2.53 Importer les observations dans Biodiv

Les rédacteurs peuvent importer les fichiers GPX ainsi constitués pour créer automatiquement les observations dans la base. Pour cela, depuis leur espace personnel, il suffit de choisir l’option "Importer un fichier GPX" et de charger ensuite le fichier correspondant.

Dans cette version, l’import est automatique et s’appuie strictement sur la syntaxe décrite. Il est peu probable que ce mécanisme fonctionne avec une autre application que GeoTracker.

Les observations créées sont affectées au rédacteur. La localisation, le jour et l’heure sont déduite des points d’intérêt enregistrés. Il ne reste plus qu’à ajouter manuellement les photos et autres documents à ces observations.

2.65 Importer les observations dans Biodiv

A partir de la version 2.65, cette option se nomme "Importer un fichier GPX, KML, CSV ou GeoJSON" puis "Importer un fichier géo-indexé".

L’import s’effectue désormais en plusieurs étapes, laissant à l’utilisateur davantage de latitude pour contrôler le processus, en suivant les instructions sous la carte.

La lecture du fichier conduit à l’affichage des points sur la carte, et dans une liste. Chaque entrée ne correspondant pas à une observation doit alors être décochée.

Une fois les entrées correctes choisies, il faut indiquer au site comment renseigner les attributs des observations. Pour cela, il faut choisir pour chacun des attributs soit une valeur fixe, soit une propriété issue des points du fichier chargé. Dans l’exemple ci dessous, on prendra une valeur fixe pour la quantité (toutes les observations créées à partir du fichier auront la même quantité 1), et on choisira de renseigner le titre et le nom de l’espèce sur la base de la propriété "description" (le point 4 créera donc une observation dont le titre sera "pic vert").

On notera que le site renseigne directement l’adresse, la commune et le code insee des points du fichiers sur la base des coordonnées GPS. Pour utiliser ces valeurs, il faut sélectionner les propriétés correspondantes.

Une fois tout le tableau renseigné, l’utilisateur clique sur "Calculer" pour préparer les observations. On peut alors les vérifier via la couche "Observations" de la carte. il ne reste plus qu’à cliquer sur "Enregistrer" pour qu’elles soient enregistrées dans la base.

Utilisation des séparateurs

Nous avons vu comment les propriétés des points du fichier pouvaient être associées à des attributs de la future observation. Voyons maintenant comment une propriété comprenant plusieurs valeurs peut être décomposée.

Supposons que nous ayons une propriété unique "description" qui contienne o/mésange bleue/2/autour du nid. Le caractère / est utilisé comme séparateur. Pour décomposer cette propriété on peut indiquer la combinaison suivante :

La valeur /2 saisie pour l’attribut espèce, combiné au choix "propriété : description", signifie que la valeur de l’attribut sera la deuxième valeur obtenue en décomposant la propriété description avec le séparateur /.

Pour o/mésange bleue/2/autour du nid, on aurait ainsi :

  • /1 : o
  • /2 : mésange bleue
  • /3 : 2
  • /4 : autour du nid

On observe au passage, avec cette notation que :

  • n’importe quel caractère peut être utilisé comme séparateur
  • l’usage du o en début de propriété n’a plus d’intérêt. Il suffit en effet de décocher le point dans la liste pour qu’il ne devienne pas une observation.
  • certains attributs ne peuvent pas être obtenus par décomposition des propriétés : dénombrement, date de l’observation, période du jour, confidentialité.

Valeurs particulières

Certaines propriétés requièrent des formats ou valeurs spécifiques.

La date d’observation doit être au format ’YYYY-MM-DD’.

La période du jour peut prendre une des valeurs suivantes :

  • lever du soleil
  • matin
  • apres-midi
  • coucher du soleil
  • nuit

Les valeurs possibles pour pour la propriété ’dénombrement’ sont :

  • Co : comptage
  • Es : estimation
  • Ca : calcul
  • NSP : ne sait pas

La confidentialité peut être

  • oui
  • non
  • inconnu

Le cas particulier des fichiers CSV

Un fichier CSV sera reconnu à partir du moment où :

  • il utilise la virgule (,) ou le point virgule ( ;) comme séparateur
  • sa première ligne donne les noms des propriétés pour chaque colonne
  • il existe une colonne ’latitude’ et une colonne ’longitude’. Les valeurs numériques dans ces colonnes sont en notation décimale, et le séparateur décimal est le point (.).

[1Ce ’o’ initial est nécessaire avec la version 2.53. A partir de la version 2.65, il ne l’est plus.