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Classer les observations par lots

mercredi 25 octobre 2017, par Webmestre

Aperçu

Associer les observations une par une aux espèces ou aux familles peut s’avérer fastidieux quand de nombreuses observations sont rassemblées. Depuis la version 2.0023, un mécanisme de traitement par lot a été mis en place pour simplifier cette opération.

L’association par lots s’effectue en trois temps :

  • on commence par extraire la structure du site dans un format lisible par un outil de "mind mapping" qui permet notamment de manipuler des données sous forme arborescentes : FreeMind ;
  • depuis l’outil FreeMind, on réalise des associations par simple glisser/déposer et on enregistre le résultat obtenu ;
  • le fichier FreeMind modifié est rechargé sur le site ; un traitement spécifique interprète les liaisons mises en place et les enregistre dans la base de données du site

Voyons maintenant ces étapes dans le détail. Toutes les actions se déroulent dans la partie publique du site. Il est nécessaire d’être administrateur pour les exécuter.

Extraire la structure du site pour FreeMind

Dans l’espace personnel d’un administrateur apparait une action intitulée "Extraire la structure du site". Cette fonction explore la structure complète du site et l’extrait dans un fichier "sitemap.mm", qui est en pratique une "map" FreeMind.

Depuis la version 2.50 l’aspect de la page personnelle a été modifié et ressemble à l’illustration ci-dessous. De plus, depuis la version 2.55, deux extractions sont proposées : la première est fonctionnellement identique à celle illustrée précédemment : elle extrait la totalité de la structure du site. Certains sites commençant à être volumineux, le traitement d’importation, décrit plus loin, devenait trop long ; une seconde extraction a été mise en place pour n’extraire que les rubriques décrivant des espèces. Cette deuxième extraction est recommandée à partir de la version 2.55.

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Depuis la version 2.55, deux extractions sont disponibles. La seconde est recommandée pour le traitement par lots des observations.

Pour pouvoir le lire et le modifier, il vous sera nécessaire d’installer FreeMind. Ce logiciel gratuit est disponible sous SourceForge. Il requiert l’installation préalable de Java (version 1.6 minimum).

Comprendre la structure du fichier FreeMind

A l’ouverture du fichier sous FreeMind, une structure simple apparait. Il s’agit d’un arbre dont la racine est le nom du site (ici Biodiv.Balma), et dont les premières branches sont les rubriques de plus haut niveau du site.

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Si vous avez extrait toute la structure du site, elle doit apparaitre ici. Dans le cas d’une extraction partielle (depuis la 2.55), seule les rubriques "espèce" et les observations orphelines apparaissent.

A l’extrémité des branches, des ronds indiquent que l’arbre se poursuit plus en profondeur : les branches suivantes peuvent être déployées ou repliées en cliquant à ce niveau. On obtient alors un arbre plus détaillé.

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En cas d’extraction partielle (depuis la 2.55), les observations déjà classées (en jaune ci-dessus) n’apparaissent plus, afin d’alléger le fichier.

Dans cette représentation, les couleurs ont leur importance :

  • en vert : les rubriques
  • en bleu : les articles
  • en jaune : les observations liées aux articles (espèces)
  • en rouge : les observations orphelines, c’est à dire non liée à une espèces
  • en noir : des nœuds intermédiaires placés pour la lisibilité de l’arbre, qui ne correspondent à aucune donnée sur le site.

Dans Freemind, le fichier "sitemap.mm" a été ouvert en modification. Nous allons pouvoir en changer la structure pour indiquer quelles opérations nous souhaitons réaliser sur le site.

Lier une observation à une espèce existante

Pour demander au site de créer un tel lien, nous allons créer un nœud particulier dans l’arbre FreeMind. Ce nœud s’appellera ’#OBSERVATIONS’ et se situera sous l’espèce à laquelle se lier.

Supposons que l’on ait une espèce ’Sphinx colibri’ à laquelle on souhaite accrocher l’observation 1767. On va tout d’abord créer un nouveau nœud sous l’espèce. Pour cela, cliquer sur le nœud de l’espèce et, au clavier, appuyer sur ’insertion’. Un nœud vide est créé. On peut alors taper (en majuscules) le texte "#OBSERVATIONS" (sans guillemets).

Ce nœud signifie que l’on souhaite lier une ou plusieurs observations à cette espèce. Il n’y a plus ensuite qu’à glisser déposer les observations non liées (en rouge) sur ce nouveau nœud : FreeMind les déplacera sous le nœud #OBSERVATIONS. Le résultat doit ressembler à l’illustration ci-dessous.

On peut ainsi lier, avec un seul nœud #OBSERVATIONS, plusieurs observations à une même espèce. De même, en créant d’autres nœuds #OBSERVATIONS sous d’autres espèces, on multiplie les ordres de liaison.

Attention :

  • le nom du nœud #OBSERVATIONS doit être strictement respecté
  • au plus un nœud #OBSERVATIONS doit apparaître par espèce
  • si l’article ne correspond pas à une espèce, l’instruction sera ignorée
  • les nœuds rouges des observations ne doivent pas être modifiés, simplement déplacés. En particulier, il ne faut surtout pas les recopier à la main, car des informations ont été placées derrière chacun de ces nœuds à l’exportation vers FreeMind et sont nécessaire au fonctionnement de l"import qui aura lieu ensuite.

Lier une observation à une famille

Quand l’espèce n’existe pas dans l’arbre, ou quand la détermination de l’observation n’est pas achevée, on peut lier l’observation à une famille d’espèce plutôt qu’à une espèce en particulier.

Le principe est le même que pour la liaison avec une espèce, mais la liaison s’opère non avec un article (en bleu), mais avec une rubrique (en vert). Le résultat ressemble alors à l’illustration suivante.

Les mêmes précautions doivent être prises que lors du lien avec une espèce.

Créer une espèce et y lier des observations

Quand des observations ont été formellement identifiées comme appartenant à une espèce et que cette espèce n’est pas encore décrite, on peut placer une instruction dans l’arbre FreeMind pour créer cette nouvelle espèce et lier des observations.

Pour cela, il faut ajouter un nœud nommé #ESPECES sous le nœud de la famille auquel l’espèce appartient, c’est à dire sous une rubrique en vert.

Sous ce noeud espèce, on créera autant de noeuds que d’espèces à créer dans cette famille. Chaque noeud aura un nom composé de trois éléments :

  • le nom vernaculaire de l’espèce (nom français commun)
  • un séparateur : /
  • le nom latin binomial

Sous le nœud de l’espèce ainsi créé, on attachera, par glisser/déposer, les observations (en rouge) qui s’y rapportent.

Exemple : pour créer l’espèce ’triton palmé’ dans la famille ’reptiles’ et y associer l’observation 1850, on obtiendrait le fragment d’arbre ci-dessous.

Attention :

  • un seul nœud #ESPECES doit figurer par famille
  • plusieurs espèces peuvent être déclarées sous un même nœud #ESPECES
  • si on ne place aucune observation sous le nœud d’une espèce à créer, l’espèce sera tout de même créée lors de l’import.
  • plusieurs observations peuvent être placées sous un noeud d’espèce à créer
  • le nœud #ESPECES sera ignoré s’il n’est pas placé sous une rubrique (en vert).

Importer le fichier FreeMind

Une fois ces modifications effectuées, il faut enregistrer le fichier "sitemap.mm" sur son poste et retourner sur le site pour le faire interpréter. Pour cela, on utilise le lien ’traitements par lots’ de l’espace personnel.

Ce lien n’est accessible qu’aux administrateurs [1]

Dans le formulaire qui apparait alors, il suffit de sélectionner le fichier sitemap.mm modifié précédemment et de cliquer sur "exécuter". Le système affiche alors, après quelques secondes, le résultat des traitements et des messages d’erreur éventuels.

Limitations et recommandations

Avant de passer à la pratique, prenez en compte les limitations suivantes :

  • il est risqué de charger plusieurs fois le même fichier. En effet, toutes les créations demandées (via #ESPECES) seraient exécutées de nouveau, ce qui génèrerait des problèmes dans la base. Toutefois, les liens (via #OBSERVATIONS) ne seraient pas affectés.
  • il n’est pas possible de renseigner de texte pour décrire les espèces créées.
  • les espèces créées le sont au nom de l’administrateur qui charge le fichier FreeMind. C’est donc lui qui devient auteur des articles correspondants et qui pourra les modifier.
  • le traitement publiant automatiquement les articles, il échouera si pour un administrateur restreint qui tenterait de publier en dehors de son périmètre d’administration. Toutefois, les articles seront quand même créés et les liens posés : seul la publication des articles sera refusée.
  • Si vous disposez de plusieurs administrateurs restreints spécialisés par familles d’espèces, il sera donc judicieux de limiter l’action de chacun aux familles dont il est responsable. Autrement dit, demandez leur de ne pas créer d’espèces en dehors des familles qu’ils gèrent.

Notes

[1] Autorisation par défaut. Certains sites Biodiv pourront choisir de modifier ces autorisations en surchargeant la fonction autoriser_ordonner(). Voir la gestion des autorisations sous SPIP pour plus de détails.

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