Le référentiel TAXREF

Le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) édite périodiquement différents référentiels qui permettent de partager des identifiants communs entre les organismes s’intéressant à la biodiversité. TAXREF est le référentiel des taxons, autrement dit des espèces végétales et animales. La codification qu’il définit permet d’exporter les observations collectées sur un site Biodiv dans un standard et selon des conventions qui soient compréhensibles d’autres organismes. Ces mêmes conventions permettent d’importer des observations externes.

Obtention de TAXREF

TAXREF n’est pas fourni avec Biodiv : il est nécessaire de s’enregistrer auprès du MNHM pour pouvoir le télécharger. L’enregistrement s’effectue en créant un compte sur le site de l’inventaire national du patrimoine naturel : https://inpn.mnhn.fr/.

Préparation des fichiers du référentiel

TAXREF se présente sous la forme d’un gros fichier CSV qui doit être découpé en fragments au moyen d’un traitement préparatoire décrit dans un article spécifique. Ces fragments devront être chargés dans un répertoire du site.

Pour l’exemple ci-dessous on est parti du fichier TAXREFv12.txt, qui a généré les fragments TAXREFv12-1.txt, TAXREFv12-2.txt, etc. Ces fragments ont été placés dans le répertoire data/taxref-12 du site.

Configurer Biodiv pour TAXREF

Une fois les données de TAXREF installées sur le site Biodiv, il est nécessaire de paramétrer Biodiv pour la lecture des fichiers du référentiel. L’accès à ce paramétrage se fait via la configuration de Biodiv.

On indiquera dans un premier temps :

• la version du référentiel obtenue depuis MNHN ;
• le chemin d’accès aux fichiers fragments, en remplaçant le numéro du fragment par %d ;
• le nombre de fragments obtenus dans la phase de préparation ;
• un nombre de lignes à lire lors d’une itération de l’indexation.

Une seconde partie du formulaire permet d’indiquer où trouver les colonnes significatives dans chaque fichier. Chaque fragment comporte une première ligne donnant les noms des colonnes. Les index à indiquer sont les numéros de colonne des champs correspondants dans le fichier (la première colonne est numérotée 0).

Enfin l’URL de taxon est utilisé pour construire l’accès à une fiche décrivant le taxon correspondant sur le site MNHN de l’inventaire national du patrimoine naturel. Cette valeur ne doit pas être modifiée.

La paramétrage TAXREF

Remarques

D’une version à l’autre de TAXREF, les index des colonnes peuvent changer. On vérifiera donc systématiquement leurs valeurs à tout changement de version.