Le projet Biodiv
Des sites contributifs pour connaître la biodiversité qui nous entoure

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2. Comment fonctionne Biodiv ?

lundi 5 août 2019, par Webmestre

Le principe des sites Biodiv est de collecter des observations pour ensuite les organiser et les présenter au public. L’activité autour du site se déroule donc en plusieurs phases.

La collecte d’observations

En s’inscrivant sur le site, on devient observateur. Ce statut permet de déposer des observations constituées de données, de photos et d’enregistrements sonores.

Toute une palette de fonctions est proposée pour déposer ainsi des observations, depuis la création manuelle individuelle, jusqu’à l’import en masse sur la base de données géocodées, en passant par la saisie assistée au moyen des information EXIF contenues dans les photos. Le contributeur occasionnel aussi bien que l’observateur régulier et équipé y trouveront leur compte.

La gestion des données sensibles

Publier une observation sur une espèce protégée peut constituer une mise en danger de cette espèce. Pour cette raison, les observateurs, mais aussi les administrateurs peuvent définir une observation comme "confidentielle" afin que sa localisation et son adresse ne soit visible que des seuls administrateurs.

L’alimentation du catalogue

En déposant une observation, l’observateur indique l’espèce qu’il pense avoir reconnue. Il peut aussi signaler que l’espèce lui est complètement inconnue.

Les animateurs du site vont alors tenter de vérifier ou d’identifier l’espèce observée. Une fois l’espèce confirmée, ils vont chercher si cette espèce était déjà présente dans le catalogue local de la faune et de la flore.

Si l’espèce est présente, c’est à dire si elle est décrite par une fiche dans le catalogue, les animateurs associent l’observation à la fiche décrivant l’espèce. Si l’espèce n’est pas encore présente, ils créent une fiche pour cette espèce et associent l’observation à la fiche. Comme pour la saisie d’observation, la création des fiches et le rattachement des observations aux fiches peut s’effectuer par une variété de moyens afin de facilité les mises à jour massives.

La structuration du catalogue

Dans la pratique le catalogue est constitué de plusieurs rubrique (des groupes d’espèces), eux-mêmes divisés en sous groupes, potentiellement sur plusieurs niveaux, jusqu’aux fiches espèces.

L’organisation de ces groupes est un choix éditorial des animateurs du site, qui gèrent un compromis entre la rigueur scientifique d’une classification phylogénétique et la mise en place de groupes plus intuitifs pour le grand public. De même, on veille à ce que la hierarchie des groupes ne soit pas trop profonde et que le nombre d’espèces dans chaque sous-groupe reste globalement du même ordre de grandeur.

Le découpage en groupes est donc une notion qui évolue au fur et à mesure que les espèces identifiées deviennent plus nombreuses.

Les regroupements géographiques

Savoir quelles espèces sont présentes sur une commune ou un territoire administratif est intéressant, mais la consolidation sur des échelles diverses, représentatives de milieux l’est encore davantage.

Dans ce but les administrateurs peuvent définir des périmètres d’intérêt, sous forme de polygones, et associer à chacun de ces lieux une descriptions et des photos. Les automatismes du site se chargeront de retrouver à chaque consultation celles des observations qui se trouvent à l’intérieur du polygone.

Les campagnes d’observation

Outre le regroupement des observations par espèce et par lieu, il est aussi possible de les regrouper par campagne. Une campagne est un thème défini par un administrateur sur une période de temps donnée, qui permet, par un choix explicite de l’observateur ou de l’administrateur de collecter des observations en lien avec le thème défini.

Une vision à multiples facettes pour le visiteur

Le visiteur du site peut ainsi à loisir

  • consulter directement les observations par ordre chronologique,
  • retrouver les espèces présentes sur la commune via le catalogue illustré par les observations,
  • identifier les espèces présentes dans les différents milieux identifiés
  • consulter les observations collectées à l’occasion de campagnes spécifiques

Le partage d’informations

Les sites Biodiv ont vocation à contribuer aux observatoires régionaux de la biodiversité, dont les données sont elles-même consolidées au niveau national par le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN). Des fonctions d’export existent ainsi pour extraire des observations du site dans un format accepté par ces observatoires.

Pour que cet échange soit possible, il est nécessaire de s’appuyer sur un référentiel d’espèces utilisé par les observatoires. Ce référentiel, nommé TAXREF, est publié par le MNHN. Les sites Biodiv disposent d’une tache de fond qui se charge de faire le lien entre les taxons de TAXREF et les fiches espèces du site. Les observations attachées à une fiche peuvent ainsi être exportées avec une référence de taxon connue et partagée par tous.

L’affiliation aux observatoires permet en outre de bénéficier de l’accès à d’autres sources de données couvrant le même périmètre géographique. Les sites Biodiv ont ainsi la faculté d’importer ces données et de les afficher conjointement aux données propres au site. L’indication de la source reste toutefois toujours présente.

La création de collections et de rapports

Au delà des fonctions interactive du site, la base de données sur laquelle il s’appuie permet d’extraire des observations, des informations issues des fiches espèces, des fiches lieux ou des campagnes. On peut ainsi produire des jeux de données et des rapports qui pourront servir de support à des analyses ou de matière première à la préparation d’exposition.

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